Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
Çınar M. (Yürütücü), Akyüz B. , Arslan K. , Gümüşsoy K. , Özdemir M.
Paratüberküloz (PTB), Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP)’in enfekte hayvanın bağırsak cidarının kalınlaşmasına neden olduğu ve hasta hayvanların tedaviye cevap vermediği kronik enteritis ile karakterize bulaşıcı bir hastalıktır. Birçok hayvanda görülen PTB, özellikle süt sığırcılığında büyük ekonomik kayıplara neden olan hastalıklardan birisidir ve hastalığa karşı aşı programları yeterli korumayı sağlamazken, hastalığın teşhisi de çok zordur. Bu nedenle hastalık global düzeyde yetiştiriciler için ciddi ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Çiftlik hayvanlarında enfeksiyöz hastalıklara duyarlı genotiplerin belirlenerek genomik seleksiyon yardımıyla sürülerden ayıklanması yaklaşımı son yıllarda öncelikli hayvan ıslahı konularından biridir. Buna paralel olarak da paratüberkülozun önlenmesinde genomik seleksiyon gibi moleküler genetik yöntemler ile hastalığa dayanıklı sürülerin oluşturulması konusuna ilgi son yıllarda giderek artmaktadır. Holstein ırkı sığırlar süt üretiminde en çok kullanılan hayvanlardan olması nedeniyle farklı ülkelerdeki Holstein popülasyonlarında PTB hastalığına direncin genetiğini araştırmak için tüm genom düzeyinde araştırmalar yapılmış ve yapılmaktadır. Fakat Türkiye’de yetiştirilen Holstein ırkı sığırlarda henüz böyle bir çalışma bildirilmemiştir. Yapılacak çalışma ile Türkiye’de yetiştiriciliği yapılan Holstein ırkı ve yerli melezi sığırlarda PTB hastalığına karşı direncin genetiği tüm genom düzeyinde ilk kez araştırılacaktır.
Projede genotipleme için kullanılacak DNA’lar Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Genetik ABD laboratuvarında bulunan 288 baş Doğu Anadolu Kırmızısı melezi, 112 baş Yerli Kara melezi ve 418 baş Holstein sığırına ait kan örneklerinden izole edilecektir. Çalışmanın serolojik analizleri daha önce yürütücülüğünü Prof. Dr. Kadir Semih GÜMÜŞSOY’un yaptığı 115O478 kodlu 1002 projesi kapsamında alınan kan örneklerinden ELISA paratüberküloz kiti ile yapılmıştır. Sığırların tüm genom genotipi 100K Bovine Array çipi ile belirlenecektir. Elde edilecek genomik ve eldeki fenotipik veriler arasındaki ilişki genom-boyu ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) yaklaşımı ile analiz edilecek ve paratüberküloza dirençle ilişkili QTL’ler ile aday genler araştırılacaktır.
Çalışmada DNA izolasyonu Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Genetik Ana Bilim Dalı’nda yapılacak, hayvanların genotiplerinin çıkarılması işlemi ise hizmet alımı ile yapılacaktır. Biyoinformatik analizler ise Erciyes Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü’nde yapılacaktır.
Yapılması planlanan proje sonunda elde edilecek verilerle sığırlarda PTB’a direnç ile ilgili SNP’ler belirlenirse, bunlar için patent başvurusu yapılması planlanmaktadır. Ayrıca proje sonuçlarından akademik yayın yapılarak, elde edilecek sonuçlar tüm dünya ile paylaşılacaktır. Proje sonunda elde edilecek veriler, PTB hastalığına karşı genetik olarak dayanıklı sürülerin oluşturulmasında kullanılabilecektir. Ayrıca zoonoz bir hastalık olduğu düşünülen ve PTB ile birçok ortak semptoma sahip olan, etiyolojisinde paratüberküloz etmeninin de rol aldığı düşünülen Crohn hastalığının önlenmesi çalışmalarına katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.